Под биоценозата се разбира система от взаимоотношения между организми, които имат обща територия. В микробните системи се използва терминът "микробиоценоза".
Биоденозата на влагалището се получава след раждането на момичето. При раждането вагината е стерилна. След един ден се появяват различни микроорганизми. В бъдеще вагиналната биоценоза се формира основно от лактобацили. Под действието на естрогени, получени от момичето от майка й, се получава кисела среда във влагалището. По-късно момичето и жената започват да развиват свои собствени естрогени, стимулиращи съществуването на кисела среда на влагалището. Микроорганизмите, които влизат във влагалището, бързо се депресират от лактобацилите, живеещи в най-добрите условия за себе си.
Равновесната система на микробите във влагалището може да варира по различни причини:
За възстановяване на баланса на микрофлората се използват вагинални пробиотици и вагинални еубиотици. Това са съставите, съдържащи лактобацили. Средствата се прилагат за вагинални тампони или се прилагат под формата на вагинални супозитории.